Ala mi-août 2000, alors que le réseau connaissait comme chaque année les pointes estivales de fréquentation, une grève très dure a paralysé son activité pendant 71 jours. Les raisons de ce mouvement étaient entre autres choses liées au passage aux 35 heures : la direction du réseau désirant alléger l'activité en période hivernale et la renforcer en période estivale.

L'accord ayant permis la sortie de ce mouvement repose sur les recommandations formulées par le médiateur, Jacques-Maurice Lengrand, et les négociations menées avec la CGT. Engagement a été pris d'amener les parties à négocier, dans un délai de six mois, un accord sur la réduction du temps de travail, intégrant la modernisation et la réorganisation de l'entreprise. Pour la CGT, « la direction a tenu à lier la négociation pour la RTT à celle de la nécessaire modernisation de l'entreprise. Celle-ci, contrairement aux prétentions affichées au cours du conflit, se fera sans licenciement, sans mutation hors des CP, et donnera lieu à un plan de formation professionnelle. ».
 
Le Directeur du réseau a estimé que la grève a été « une opération blanche, les comptes s'équilibrant à peu près entre les recettes perdues et les dépenses non engagées » : à l'exception de la période estivale, le Train des Pignes coûte plus qu'il ne rapporte lorsqu'il roule : le déficit est d'ailleurs couvert par les collectivités locales de la région, à travers le SYMA (Syndicat mixte Méditerranée-Alpes).

En décembre 2000, la presse locale a fait état d'un projet de circulation du Train des Pignes en rive droite du Var au niveau de la Zone Industrielle de Carros. En effet, une RN 202 bis doit être construite en rive droite du Var, la RN 202 ainsi libérée du trafic purement urbain devenant une voie rapide vers le haut pays. Le franchissement du Var entre la RN 202 et la RN 202 bis s'opérera par l'intermédiaire d'un viaduc en aval de la Zone Industrielle. Il paraît intéressant de profiter de ces travaux d'aménagement pour modifier l'itinéraire du Train des Pignes, afin qu'il puisse desservir au plus près cette Zone Industrielle.Le train franchirait alors le Var sur un viaduc commun rail / route, desservirait la Zone Industrielle de Carros, puis rejoindrait son tracés actuel en amont de la Zone Industrielle par le biais d'un viaduc ferroviaire à construire. Une telle solution permettrait au Train des Pignes de jouer, dans sa partie méridionale, un rôle de transport urbain, en complément du futur réseau de tramway Niçois. D'autre part, l'emprise actuellement occupée par le train sur la RN 202 serait récupérée afin d'améliorer les conditions de circulation vers le haut pays.

« Le projet est en effet dans les cartons », confirme Jean-Pierre Bascoul, directeur des Chemins de fer de Provence. « L'idée est de faire traverser le train au niveau du Cadam, pour desservir toute la rive droite. L'idéal serait de garder deux services : un métro avec une cadence de dix minutes entre chaque navette, relié au réseau SNCF à Saint-Augustin, et puis au tramway, et un train touristique comme avant. C'est un projet très intéressant, souligne M. Bascoul, que nous avons estimé, hors ouvrages d'art, à cent millions de francs ».

Un risque existe néanmoins : il est à craindre que le Train des Pignes soit remplacé purement et simplement dans sa partie suburbaine (et rentable !) par un tramway qui franchirait le Var en aval de la Zone Industrielle sans le "refranchir" en amont. La ligne de desserte du haut pays s'ouvrant sur le Val de Durance pourrait alors être purement et simplement abandonnée pour cause économique.
 
M. Bascoul a d'autre part parlé à plusieurs reprises du Train des Pignes en tant que "train touristique". De la part du Directeur du réseau, cette attitude est inquiétante. On aimerait plutôt voir mise en avant la vocation de service public de transport et de moyen de désenclavement du haut pays...

En avril 2001, le Ministre des Transports vient de débloquer 57,65 millions de francs pour la modernisation des Chemins de fer de Provence, et ce dix ans après que l'Etat s'est engagé à participer financièrement à la modernisation du réseau. Il a d'ailleurs débloqué 12 millions de plus que ce qui avait été prévu en 1991.

« Nous sommes heureux de recevoir cette somme que nous attendons depuis des années, a déclaré René Gilly, Président du SYMA (Syndicat mixte Méditerranée-Alpes), et nous allons la compléter jusqu'à hauteur de 125 millions. Cette somme sera consacrée aux infrastructures, donc à la voie, et notamment à la sécurité. Dans le mois qui vient, nous allons tenir une réunion pour lancer un avant-projet sommaire avec le concours de la DDE. Je veux utiliser cet argent le plus rapidement possible, pour qu'il ne reparte pas à quelque chose de plus urgent, comme d'éventuelles inondations, par exemple. »

De nombreux projets de développement du Train des Pignes existent et reviennent régulièrement à l'ordre du jour : passage sur la rive droite du Var, afin de desservir la Zone Industrielle de Carros, liaison Nice-Genève avec le rétablissement du tronçon Digne-Saint-Auban...

De son côté, le nouveau directeur de CFTA (Chemins de Fer et Transport Automobile, filiale de Vivendi, exploitant du réseau) à Nice, Frédéric Liguro, se montre « ravi que l'Etat s'engage ainsi fortement à nos côtés et à ceux du SYMA. C'est un signe fort donné par l'Etat en faveur de la remise en état de la ligne de manière  lourde. Il est évident que l'avenir de celle-ci - et particulièrement le bas de la ligne, qui représente 60 à 70 % de la fréquentation - est assez lié au développement des transports de l'agglomération niçoise : relier Plan-du-Var au centre de Nice en vingt minutes, au lieu du double en voiture, c'est notre véritable vocation. »